针对此一裁决，特侦组十六日向台湾高等法院提出抗告，从陈水扁涉犯重罪和有逃亡、串证及湮灭证据之虞等四个面向，说明陈水扁符合羁押要件且有继续羁押必要。台湾高院审理后于十七日晚宣布撤销原裁定，发回台北地院更裁。

　　台北地院周占春审判长的合议庭隔日经过长达八小时的审理，认为检方所提出的干扰证人、串供与逃亡的事证不足，再度裁定将陈水扁无保释放。并表示，如检方再度提出抗告，就请台湾高院自为裁定。

　　特侦组十二月二十五日再次向台湾高院提出抗告，并请高院自为裁定羁押陈水扁。台北地院二十五日也召开刑事庭案件审核小组会议投票通过，决定陈水扁家所有案件并入承审“国务机要费案”的审判长蔡守训的合议庭。周占春审判长的合议庭不再承审。且会议结论立刻生效。

　　十二月二十八日凌晨，台湾高等法院就特侦组的二度抗告裁定，发回台北地方法院更裁，裁定书指出，根据检方起诉书及所示证据，陈水扁涉犯贪污等罪，犯罪嫌疑重大，且所犯为最轻本刑五年以上重罪，有逃亡、串证之虞，原审裁定陈水扁无保释放，有违理论与经验法则，且有违司法正义实现，依法不合。

　　台北地方法院三十日凌晨裁定陈水扁羁押但不禁见。蔡守训审判长的合议庭裁定书指出，陈水扁犯嫌重大，且有逃亡、湮灭证据之虞，其在台湾领导人任内还将证物核为绝对机密迟滞诉讼，有羁押必要。随后，陈水扁再度被押入台北看守所。