(四)救灾资金审计调查发现问题的整改情况。
民政部党组高度重视审计调查发现的问题，召开全国民政系统电视会议，部署整改工作。各有关省(区)政府针对审计查出的问题，及时研究制定了整改措施。截至2008年10月底，各地已清理和追回违规使用的1.95亿元救灾资金，其余0.63亿元由于财政及经费困难等原因尚未追回，有关地方正在积极采取措施，尽快落实整改。
(五)住房公积金审计查出问题的纠正情况。
中央有关部门和相关地方政府高度重视此次审计查出的问题。住房城乡建设部、财政部、审计署等7部门2008年联合开展的全国加强住房公积金管理专项治理工作将督促有关地方政府执行审计决定作为重要的工作内容，专项治理工作领导小组派出的6个联合检查组在对14个省(区、市)进行检查时，对审计决定的落实进行了现场督促。江苏、河北、福建、江西、海南、大连等省(市)主要负责同志均作出批示，要求有关单位认真落实审计决定，逐项加以整改。对审计查出的挤占挪用、违规发放个人住房公积金贷款、管理机构未调整到位以及违规自行归集住房公积金等问题，有关地方已基本整改；对以前年度购买国债等投资形成损失风险的住房公积金，有关地方已采取诉讼保全、第三方偿还等方式力求损失最小化。
(六)农村社会养老保险基金审计查出问题的纠正情况。
为搞好这次审计查出问题的纠正工作，人力资源社会保障部成立了整改工作领导小组，制定了工作计划，在草拟的《关于开展新型农村社会养老保险试点工作的指导意见》中，提出了解决集体补助、财政补贴较多补给村干部和领取标准低、保障功能弱两个问题的具体办法。该意见正在征求有关部门和地方意见，拟在报国务院审定批准后下发执行。
(七)税务部门征税成本审计调查发现问题的整改情况。
对此次审计调查反映的问题，税务总局专门召开会议研究制定了具体整改措施。对人员支出水平较高的问题，正在按照六部委的统一部署规范奖金津贴补贴的发放，推行并逐步规范定员定额管理，并提出今后将建立定额定员动态管理机制，逐步按全部支出核定定额；对办公用房面积超标的问题，拟进一步加强基本建设项目跟踪管理，并组织必要的交叉检查，清理闲置的办公用房，严格控制超投资、超规模建设；对无编制和超编制购置小汽车的问题，已制定办法明确了车辆编制和配备标准，要求各地按标准核定车辆编制，严格按程序进行采购；对招待费、会议费、培训费和出国费控制不够严格的问题，拟采取措施加强预算源头控制，严格审核，在预算执行中强调不得突破预算指标，并通过日常内部审计监督及时发现问题、及时纠正。
(八)利用外国政府贷款项目和世界银行贷款扶贫项目审计调查发现问题的整改情况。
为促进50个外国政府贷款项目审计调查发现的问题整改到位，财政部组织有关财政监察专员办事处开展了专门检查，并会同发展改革委等部门，积极研究采取措施，加强和完善外国政府贷款监管机制。截至2008年10月底，财政部已制定下发《外国政府贷款项目绩效评价暂行办法》(财金〔2008〕24号)，正在制订《外国政府贷款管理规定》、《外国政府贷款转贷管理办法》、《外国政府贷款采购管理办法》等有关规定，积极研究建立政府外债管理统计监测预警信息系统。有关地方政府负责同志就这次审计调查发现问题的整改工作都作出批示，明确了工作要求。截至2008年10月底，对这次审计调查发现的未实现其总体目标的10个项目和存在资产长期闲置、利用率不高和损失浪费问题的33个项目，有关地方政府和项目单位按照有关法津法规已进行了处理，力求减少损失。
针对这次世界银行贷款西南扶贫项目和秦巴山区扶贫项目审计查出的问题，国务院扶贫办专门研究和部署，提出了具体整改措施。广西、陕西两省(区)政府、财政部门和扶贫办，高度重视审计查出问题的整改工作，制定了具体整改计划和方案。审计查出的问题现已基本得到纠正。各地还制定、完善相关制度，加强了对外国政府贷款项目的监督管理。
六、金融机构审计和审计调查查出问题的纠正情况
(一)国家开发银行资产负债损益审计查出问题的纠正情况。
国家开发银行成立了整改领导小组，建立了整改进度动态跟踪机制，制定了具体整改措施。截至2008年10月底，已纠正违规放贷问题金额90.53亿元，占99.4%；纠正挪用贷款问题金额229.34亿元，占93.3%；纠正违规进入股票市场、房地产市场，以及国家限制发展的产业和领域的贷款金额57.85亿元，占99%。已处理有关责任人员22人，其中厅局级干部10人。同时，重点加强了贷后管理和相关制度建设，推进了评审专项改革，强化了内部控制和风险管理。
(二)中国农业银行2006年资产负债损益审计查出问题的纠正情况。
中国农业银行多次召开会议，研究部署整改工作，并督促各级分支机构对审计发现的问题，逐条落实整改措施。截至2008年10月底，已纠正违规问题金额240.9亿元，占99.1%，已处理有关责任人2673人，其中对移送司法机关查处的辽宁省锦州市分行副行长郑凤来、黑山县支行行长刘福德等人采取借款和虚假贴现等手段累计挪用银行资金31亿元的问题，中国农业银行已对186名责任人进行了处理。结合整改，中国农业银行全面梳理了现行制度，取消了网上银行交易量指令性计划完成指标，强化了对网上银行交易的日常监测；在二级分行建立了个人消费信贷业务审批中心，实行集中审查；完善了风险管理委员会及其专业委员会设置，成立了风险管理部，统筹全行信用风险、市场风险和操作风险的规划和管理。
(三)金融资产管理公司处置不良资产审计调查发现问题的整改情况。
财政部、银监会和四家资产管理公司对审计调查发现的问题高度重视，认真研究分析，提出了进一步强化公司内部管理、加大不良资产处置力度、进一步加强商业化转型工作等措施，还加强了内部控制、财务制度、风险管理等方面制度建设，对业务进行实时监控，对资产处置、财务收支、资本金运营等经营情况实施监督，完善了内部审计机制。
中国光大银行股份有限公司、中国人民保险集团公司和中国再保险(集团)公司采取多种措施，认真整改，已整改审计发现的问题金额160.01亿元，占95.3%；还有7.4亿元问题正在整改中，另有理赔损失0.49亿元无法追回，但也制定了完善机制、堵塞漏洞的措施，避免此类问题再发生。
对9家金融机构的审计和审计调查共移送各类涉嫌犯罪案件线索43件，涉案金额141.62亿元，涉案责任人144名。
七、企业审计和审计调查查出问题的纠正情况
(一)3家中央企业原领导人员任期经济责任审计查出问题的纠正情况。
1。关于损益不实78.65亿元的问题。3家企业已经调账56.23亿元，其余22.42亿元，主要是从成本费用中列支劳务用工工资性支出的问题，目前相关企业正与国资委联系，申请调整工效挂钩基数。
2。关于决策不当、管理不善造成损失和潜在损失16.63亿元的问题。除2.42亿元损失无法收回外，相关企业通过监控担保企业贷款资金的使用情况、提高经营管理水平等措施，一定程度上化解了14.21亿元的潜在损失风险；相关企业还修改或完善各项管理制度27项，包括制定重大决策程序办法、招标监督以及合同管理办法、建立资金管理制度、企业股权管理规范、市场化用工管理暂行办法等，防止因决策失误或管理不善发生新的损失和国有资产流失。
3。关于海外投资管理不规范，形成或面临损失4.24亿元的问题，相关企业正积极采取措施建立海外项目运作风险管理体系，完善应急预案制度。
4。关于违法违规操作导致国有资产流失的问题。截至2008年10月底，已收回980万元，合并账外账处理877万元，通过司法诉讼等手段正在追缴7090万元，其余4.83亿元由于责任人外逃等原因无法追回。相关企业已通过进一步建立健全内部规章制度、明晰产权关系等措施，加强管理，完善内部控制，以有效避免国有资产流失问题的再次发生。
(二)5家电信运营企业投入产出效益审计调查发现问题的整改情况。
针对审计调查发现的问题，工业和信息化部组织专人进行了研究，向国务院报送了调查报告，全面分析了电信企业网络资源利用不充分的主要原因，有针对性地提出了加强统筹规划、明确部门职责、强化横向协调和建立信息平台等加强网络建设监管的建议。9月28日，针对当前电信重组和即将启动的新一轮网络建设的实际情况，工业和信息化部与国资委联合紧急下发了《关于推进电信基础设施共建共享的紧急通知》(工信部联通〔2008〕235号)，明确提出已有铁塔、杆路必须共享，新建铁塔、杆路必须共建，其他基站设施和传输线路具备条件的应共建共享，禁止租用第三方设施时签订排他性协议等具体要求，并制定了相应的考核和处罚措施。该部调查报告中提出的其他相关措施将于近期出台。这些措施有利于从根本上解决我国电信企业重复建设和闲置浪费问题。
(三)铁道部铁路运输企业财务收支审计查出问题的纠正情况。
铁道部铁路运输企业在审计期间，边纠正问题边建立相关管理制度。对核算不实、多计利润10.59亿元的问题，已全部进行了调账处理，补缴了相应税款。为规范主业与多元经营企业之间关系，采取了以下措施：一是将多元经营企业从事的自备车、专用线共用服务收费项目全部纳入运输主业管理，并通过变更资产权属、建立资产有偿使用制度、合理进行资产调剂等方式纠正了一些铁路局向多元经营企业无偿提供资产、低价出租资产的问题。二是对多元经营企业发生的为运输主业人员承担工资、奖金问题，分别采取规范财务核算、规范经济和劳务关系、主业用历年结余工资置换和个人退款等方式进行了纠正。三是对于未经物价部门批准的收费项目，已全部停止或取消；对经营性服务收费，通过与客户签订规范的合作服务协议、转变经营模式等方式，保证服务到位、收费合理。结合整改，铁道部还制定了34个管理制度和指导意见，规范了企业管理和会计核算。
上述9户企业审计查出的34起案件线索移送有关部门查处后，已依法批准逮捕、起诉或判刑27人，给予撤职、降职等党纪政纪处分9人。