《实施办法》指出，凡是违反法律法规及其他有关规定，应列入而未列入符合规定的单位账簿的各项资金（含有价证券）及其形成的资产，均纳入此次治理范围。重点是２００７年以来各项“小金库”资金的收支数额，以及２００６年底“小金库”资金滚存余额和形成的资产。对设立“小金库”数额较大或情节严重的，应追溯到以前年度。

　　《实施办法》还明确了“小金库”的主要表现形式，包括违规收费、罚款及摊派设立“小金库”；用资产处置、出租收入设立“小金库”；以会议费、劳务费、培训费和咨询费等名义套取资金设立“小金库”；经营收入未纳入规定账簿核算设立“小金库”；虚列支出转出资金设立“小金库”；以假发票等非法票据骗取资金设立“小金库”；上下级单位之间相互转移资金设立“小金库”。

　　根据《实施办法》，此次专项治理工作从中共中央办公厅　国务院办公厅《关于深入开展“小金库”治理工作的意见》下发之日起至２００９年底基本结束，主要采取自查自纠和重点检查相结合的方式进行。其中《意见》下发之日起至２００９年５月底为动员部署阶段，到６月底前为自查自纠阶段，从７月初至１０月底为重点检查阶段，１１月底前为整改落实阶段。

　　《实施办法》还要求，各地区各部门重点检查阶段的检查面不得低于纳入治理范围单位总数的５％，重点领域、重点部门和重点单位检查面不得低于２０％。重点检查对象范围包括执收、执罚权相对集中的部门和单位；教育、卫生、交通、民政等与人民群众利益密切相关的部门和单位；宾馆、培训中心、招待所、出版社、报社、杂志社等与党政机关、事业单位有隶属关系的单位；以前检查发现存在“小金库”的部门和单位；有群众举报的部门和单位以及自查自纠措施不得力、工作走过场的部门和单位。

　　《实施办法》提出，对专项治理中发现的“小金库”，要严格按照“依法处理，宽严相济”的原则进行处理。各级“小金库”治理日常工作机构要设立并公布举报电话、举报信箱，注意发挥网络举报作用。对举报有功的单位和个人，根据查出并已收缴入库的“小金库”资金、税款和罚款的金额，给予３％至５％的奖励，奖金最高额为１０万元，由同级财政负担。