根据《中华人民共和国审计法》的规定，2008年12月至2009年3月，审计署对中国科学院(以下简称中科院)2008年度预算执行情况和其他财政收支情况进行了审计，并抽审了10个所属单位。
一、基本情况
中科院为中央财政一级预算单位，部门预算由院本级和116个二级预算单位及项目执行单位的预算组成。
审计结果表明，中科院2008年度预算收支基本符合国家有关预算和财经法规的规定，会计处理基本符合会计法、相关会计准则和会计制度的规定，能够认真做好本部门预算编报的组织工作，积极推进国库集中支付制度改革，进一步加强了预算和财务管理工作，建立健全了内部控制制度，认真整改以前年度审计发现的问题，审计决定执行率达100%。但审计也发现了一些需要加以纠正和改进的问题。
二、审计发现的主要问题
(一)未及时将预算细化并批复给所属单位。
中科院在接到财政部批复的2008年部门预算后，未及时细化并批复给所属单位。截至2008年底，中科院累计有15.14亿元(其中2008年5.32亿元)的预算资金未细化和批复给所属单位。
(二)4个所属单位和1个代管单位扩大科研经费开支范围支出4270.09万元。
1.2001至2007年，所属计算技术研究所(以下简称计算所)在科研经费中超比例提取管理费846.20万元，列支房租、房屋维修费和职工社保费用542.34万元，合计1388.54万元。
2.2008年，所属高能物理研究所(以下简称高能所)在科研经费中违规提取管理费275万元，列支绿化费、物业管理费和保安费148.98万元，合计423.98万元；自行规定按课题到位经费7%的比例，提取“能源动力费”270.71万元。
3.2007至2008年，所属化学研究所(以下简称化学所)自行规定按课题到位经费5%的比例，提取“设备运行费”1055.54万元(其中2008年提取622.82万元)。
4.2008年，所属软件研究所(以下简称软件所)在发放某项目奖励经费时，超比例发放40万元。
5.2006至2008年，代管的全国科学技术名词审定委员会事务中心(以下简称事务中心)在中科院下拨的专项经费中，列支1091.32万元机构运行等费用(其中2008年支出407.18万元)。
(三)2个所属单位挪用科研经费254.71万元。
1.2002年1月，化学所与某企业共同投资成立公司，双方约定各持股41.86%，其余为个人持股。为保证实际控制权，化学所以“技术服务费”的名义从科研经费中列支89.30万元，以职工名义参股该公司。截至审计结束时，上述股权仍登记在个人名下，取得的投资收益已上缴化学所。
2.2007至2008年，化学所从拨付给其关联公司的科研经费中，列支购车、车辆保险等支出15.41万元(其中2008年支出2.77万元)。
3. 2003年12月，软件所挪用科研经费150万元，以个人名义购买了150万股某公司的股份。截至2009年4月审计结束时，此笔款项尚未归还，该股份经配送已累计达到165万股。
(四)2个所属单位及软件所投资的1家公司未按照规定核算管理国家补助资金800万元。
2008年，所属研究生院、软件所及其投资的一家公司在收到产业化项目国家补助资金共计800万元后，未按规定作为单位资本公积核算管理。
(五)2个所属单位未按规定进行政府采购2.86亿元。
1.2006至2008年，所属文献情报中心(以下简称文献中心)未按政府采购程序采购文献支出合计2.75亿元(其中2008年支出1.09亿元)；未经招标，选择为其提供数据录入服务的企业，累计支付录入费608.79万元。
2.2008年，所属遗传与发育生物学研究所(以下简称遗传所)未按政府采购程序采购显微镜及配套设备共505.57万元。
(六)2个所属单位少计收入1909.63万元。
1.2006年6月，软件所将以前年度持有的10%某公司股权进行转让，收到转让费1800.03万元。截至2009年4月审计结束时，该笔股权转让费仍未结转收入。
2.2002年12月以来，挂靠在计算所的数字音视频解码技术标准工作组将收取的会员费等一直在该所往来账核算，未结转收入。截至2008年11月底，账面结余109.60万元。
三、审计处理情况及建议
对上述问题，审计署已按照国家法律、法规的规定，及时出具了审计报告，下达了审计决定书。对预算未及时细化的问题，要求中科院今后提前细化预算并及时批复给所属单位；对计算所等单位扩大科研经费开支范围的问题，要求相关单位调整会计账目、归还原资金渠道，要求高能所将违规提取的管理费上缴中科院，用于科研项目；对所属单位挪用科研经费的问题，要求追回被挪用的科研经费并上缴中科院，用于科研项目；对相关单位未按规定管理国家补助资金的问题，要求项目单位按照规定管理国家补助资金；对所属单位未按规定进行政府采购的问题，要求今后严格按规定进行采购；对所属单位少计收入的问题，要求调整有关会计账目，并补缴相应税款。
针对审计发现的问题，审计署建议：中科院应加强内部管理，提高科研经费使用效益；规范政府采购程序，保障财政资金安全。
四、审计发现问题的整改情况
中科院在审计前开展了自查，并纠正了自查发现的问题。对这次审计发现的问题，中科院高度重视，责成有关单位认真纠正和整改。对预算未及时细化的问题，中科院表示将努力将预算支出落实到具体项目及其执行单位；对计算所等单位扩大科研经费开支范围的问题，除事务中心事项正与财政部积极沟通、协商外，其余已按审计要求纠正；对所属单位挪用科研经费的问题，化学所已追回部分科研经费并上缴中科院，软件所挪用科研经费购买的股份，因相关公司正筹备主板上市，股权交易冻结，待解冻后将转让该部分股权，并将收益上缴中科院；对相关单位未按规定管理国家补助资金的问题，正在协商解决；对所属单位未按规定进行政府采购的问题，中科院表示将加强政府采购管理，文献中心已与相关单位停止服务合同，遗传所制定了相关细则；对所属单位少计收入的问题，已调整有关会计账目。
此外，对审计发现的少数管理不规范等问题，审计署另行出具了审计建议函，中科院已进行了整改。
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科技部结余资金6.81亿元未纳入预算 国管局21.05亿竣工项目未及时办理决算
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